蛋白质所带的电荷取决于它们的等电点和介质的pH;当介质的pH低于它的等电点时，蛋白质带正电荷，它不与阴离子交换剂结合随洗脱液向下移动;蛋白质从柱顶向下移的过程中其周围pH逐渐增高，当它移动到某一点其环境的pH高于蛋白质等电点时，蛋白质由带正电荷变为负电荷而与离子交换剂结合;不同的蛋白质有不同的等电点，在它们被离子交换剂结合以前将移动不同的距离，按等电点顺序流出