强碱和氧化剂破坏;葡聚糖凝胶含有少量羧基，故对阳离子有轻微的吸附作用;芳香族化合物和杂环化合物在葡聚糖凝胶上有时表现出滞留现象;第一次使用的新凝胶柱会吸附少量的蛋白质，使回收率下降